Fate/Zero menceritakan tentang Emiya Kiritsugu, sang “Magus Killer” yang ditakuti dalam pertempuran Holy Grail War keempat. Dia terpilih sebagai “Master” oleh satu dari tiga pendiri Holy Grail War yaitu keluarga Einzbern tanpa memperdulikan metode-metode miliknya yang berbahaya dan reputasinya sebagai pembunuh bayaran yang menggunakan segala cara untuk mencapai tujuannya. Meskipun hal itu melawan idealnya sendiri, demi umat manusia Kiritsugu akan menghancurkan apapun yang mengancam kedamaian